Presunto inocente transcurre en una gris y provinciana ciudad del Medio Oeste. Rusty Sabich, miembro de la oficina del fiscal general de Kindle County, ha sido encargado de investigar la violación y asesinato de uno de sus colegas: Carolyn Polhernus, una mujer fuerte, sensual y magnética, muy ambiciosa y con bastante probabilidad, poco escrupulosa. Su muerte está causando problemas al jefe de Rusty, Raymond Horgan, que ve peligrar su cargo en las próximas elecciones, que están, a la vuelta de la esquina. Por eso necesita que Rusty resuelva el caso rápidamente. Lo que Horgan desconoce es que, pocos meses antes del asesinato, Carolyn y Rusty eran amantes. Cerca de los cuarenta, Rusty es un hombre fundamentalmente solitario, cuyo matrimonio y carrera parecen haberse estancado. Sus sentimientos se concentran en el amor hacia su hijo, Nat, y en sus desesperados recuerdos de Carolyn, que rompió su relación sin explicaciones hace seis meses. La investigación de Rusty le permite deshacerse poco a poco de su obsesión por Carolyn, pero hace pocos progresos en encontrar al asesino. Entonces, cuando Horgan pierde las elecciones, Rusty, de repente, de manera increíble, se encuentra acusado del asesinato.